В 1996 окончил режиссерский факультет Санкт-Петербургской академии театрального искусства, курс И.Б. Малочевской.

Дипломная работа "В ожидании Годо" С. Беккета, выпущенная в Театре на Крюковом канале (1996), получила сразу две премии на фестивале "Золотая маска" и была отмечена высшим призом за режиссуру на петербургском фестивале "Рождественский парад".

С 1996 года работал режиссером в театре Ленсовета (Открытый театр). Театр Ленсовета стал творческой площадкой режиссера, в которой ему удалось создать свой исключительный мир, но Бутусов нашел свой "второй дом" и в Москве - театр "Сатирикон".

Преподавал в Санкт-Петербургской Академии театрального искусства, преподает в ГИТИСе.

Ставил спектакли в Польше, Южной Корее, Норвегии, Болгарии.

В 2011 году в должности главного режиссера Юрий Бутусов возглавил Театр имени Ленсовета, а с 2017 по 2018 год был его художественным руководителем.

В сентябре 2018 года приглашен на должность главного режиссера Театра им. Евгения Вахтангова.

Трагически погиб 9 августа 2025 года.